En septiembre de 1649, la Reina Cristina de Suecia llamó a Descartes a Estocolmo. Allí murió de una neumonía el 11 de febrero de1650 , a los 53 años
de edad. Actualmente se pone en duda si la causa de su muerte fue la neumonía.
En 1980, el historiador y médico alemán Eike
Pies halló en la Universidad de
Leiden una carta secreta del
médico de la corte que atendió a Descartes, el holandés Johan Van Wullen, en la
que describía al detalle su agonía. Curiosamente, los síntomas presentados —náuseas, vómitos, escalofríos no eran propios de una neumonía. Tras consultar a varios patólogos , Pies concluyó en su libro El
homicidio de Descartes, documentos, indicios, pruebas, que la muerte se
debía a envenenamiento por
arsénico. La carta secreta fue enviada a un antepasado del escritor, el
holandés Willem Pies.
En el año de 1676 se exhumaron los restos de Descartes; colocados en un ataúd de cobre se trasladaron a París para ser sepultados en la iglesia de Sainte-Geneviève-du-Mont. Movidos nuevamente durante el transcurso de la Revolución francesa, los restos fueron colocados en el Panthéon, la basílica dedicada a los grandes hombres de la nación francesa. Nuevamente, en 1819, los restos de René Descartes cambiaron de sitio de reposo y fueron llevados esta vez a la Iglesia de Saint-Germain-des-Prés, donde se encuentran en la actualidad.
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